Die Geschichte der Schulen in Wendeburg reicht bis an die Wende vom 16. zum 17. Jahrhundert zurück. Dem Küster, früher Opfermann genannt, Johann Rothmann, seit 1589 in Wendeburg tätig, wurde im Jahre 1626 vom Konsistorium, der oberen Kirchen- und Schulbehörde, bestätigt, dass „... der genannte Rothmann seine Singe- und Leseprobe abgelegt habe." Nach den damaligen Anforderungen handelte es sich damit um einen ausgebildeten Lehrer.

Nachdem der Braunschweigische Herzog Julius bereits im Jahre 1569 eine Schulordnung erlassen hatte, die sich vornehmlich mit Lateinschulen befasste, aber für größere Dörfer auch die Einrichtung „deutscher Schulen" vorschrieb, führte Herzog August der Jüngere 1647 die Schulpflicht ein. Die Schulaufsicht lag bis 1918 in kirchlicher Hand. Erst nach dem ersten Weltkrieg erfolgte im Land Braunschweig auf der Grundlage des Braunschweigischen Landesgesetzes vom 21.11.1918 die Trennung von Kirche und Staat.

Im Laufe der Jahrhunderte wurden immer wieder neue Schulgebäude errichtet, um der steigenden Schülerzahl und den sich ständig ändernden Anforderungen an den Unterricht zu genügen. Seit 1869 gehen die Kinder aus den ehemals selbstständigen Dörfern Wendeburg, Wendezelle und Zweidorf, die heute alle zu Wendeburg gehören, in eine gemeinsame Schule. Die weiter erhöhte Bevölkerungszahl führte fast 100 Jahre später zum Neubau einer „Mittelpunktschule" in Wendeburg, in der die heutige Aueschule untergebracht ist. Sie umfasste bis zur Schulreform im Jahre 2004 die Schulformen Hauptschule und Orientierungsstufe. Nach Auflösung der Orientierungsstufen in Niedersachsen wurde sie um eine Realschule erweitert. In beiden Schulformen, Hauptschule und Realschule, werden heute die Klassen 5 bis 10 unterrichtet. Die Schule hat ein gemeinsames Kollegium und eine gemeinsame Schulleitung.

Seit 2007 bietet die Aueschule auf der Grundlage eines pädagogischen Konzepts als „Offene Ganztagsschule“ an drei Tagen in der Woche Nachmittagsunterricht an. Zwischen den schulischen Veranstaltungen am Vormittag und denen am Nachmittag können die Schülerinnen und Schüler in einer im Jahr 2008 vom Landkreis Peine neu errichteten Mensa das Mittagessen einnehmen.

Neben diesem Schulzentrum, das vom Landkreis Peine getragen wird, unterhält die Gemeinde Wendeburg auf ihrem Gebiet noch drei Grundschulen, eine im Zentralort Wendeburg, zwei weitere in den Ortschaften Bortfeld und Meerdorf.

Die Schulgebäude, besonders das Schulzentrum, stehen mit ihren Einrichtungen heute auch den örtlichen Vereinen, besonders den Sportvereinen, der Volkshochschule und anderen außerschulischen Trägern für nicht kommerzielle Veranstaltungen zur Verfügung. In der Aueschule ist zugleich eine der Kreisbüchereien untergebracht.

Zusammenfassung nach Rolf Ahlers, Wendeburg - 800 Jahres aus der Geschichte des Ortes, Wendeburg 1996