Hauptschule und Realschule an der Aueschule haben eine gemeinsame Schulleitung.
Rektor Dieter Carlens sowie Konrektor Hans-Jürgen Graef sind für beide Schularten verantwortlich.
Für den Realschulzweig koordiniert Karin Hahn die Arbeiten.
Die Aueschule Wendeburg ist eine eigenverantwortliche Schule. Höchstes Entscheidungsgremium der Schule ist der Schulvorstand, in dem Vertreter der Lehrer, Eltern und Schüler zusammen arbeiten. Der Landkreis Peine entsendet in dieses Gremium als Schulträger einen beratenden Vertreter. Der Schulleiter trägt die Gesamtverantwortung für die Schule. Er entscheidet in allen Angelegenheiten, in denen nicht eine Konferenz oder der Schulvorstand zuständig ist. Er führt unter anderem die laufenden Verwaltungsgeschäfte, vertritt die Schule nach außen, führt den Vorsitz im Schulvorstand und in der Gesamtkonferenz, bewirtschaftet die Haushaltsmittel der Schule und ist für die Qualitätssicherung und Qualitätsentwicklung verantwortlich.